战争的持续给雨之国带来了毁灭性的打击，雨隐村首领山椒鱼半藏对此表示强烈谴责，随后对三大国同时宣战。
虽然雨隐村整体战斗力不怎么样，但是奈何村长是有忍界半神之称的半藏，在他的带领下先后与岩隐村和砂隐村的千代婆婆交手并取得优势。
最终木叶在这场惨无人道的四方混战中获胜，但是他们并无法击败最后的半藏。
而猿飞的三位弟子：自来也、大蛇丸、纲手坚持到了最后，半藏见三人乃是当世豪杰便放过了已经筋疲力尽的三人，并赐给他们木叶三忍的称号。
与此同时，三代风影借助雨之国战役吸引木叶注意力，派遣千代的儿子儿媳、蝎的父母入侵火之国。
却不成想木叶还有一张王牌没有去雨之国战场，旗木朔茂力挽狂澜以一己之力击杀蝎父蝎母名震忍界，从此有了木叶白牙的称号。
而一直作壁上观的三代雷影忽然发动闪电战，举兵入侵土之国，三代土影大野木无心与风、火周旋急忙回防。
最终虽然成功防守住了家园，但是也造成了不少损失。
结束雨之国战役后，三忍准备离开这片焦土奔赴其他战场。
也是在这个时候，他们遇到了尚是孩童的长门、弥彦和小南。
纲手打算用一些食物打发走他们，大蛇丸想杀死他们免得在乱世受罪，而自来也则选择留下来照顾他们。
“战争这东西果然不是什么好东西啊。”
“真希望现实世界不要爆发战争啊。”
“啊……这可说不准啊，毕竟当实力增长，野心就会因此爆发。”
“现在说这事干嘛，就我们龙国这实力，加上有苏晓老师在，哪个国家敢来犯？”
“光靠苏晓老师可不行，其他的幻想家，还有各位也要努力才行。”
“没错，起码要努力挣钱！”
“没错！”
自来也最开始本来打算只是照顾三个孩子到他们能够自立，但是在见到长门被假死潜伏下来得斑移植的轮回眼后，自来就坚信这个孩子是大蛤蟆仙人所说的预言之子。
（大蛤蟆仙人就是之前把羽村给续命救活了的蛤蟆丸）
在教授三个孩子三年忍术后，自来也也将要回去继续参加战争。
这个时候二战已经是第四年将要结束，但是还会有流亡的忍者来雨之国抢粮杀人。
不忍如此的弥彦、长门、小南决定改变这一切，便舍弃原本还算温馨的生活探寻救国图存之道。
与纲手、大蛇丸阔别三年的自来也成功与队友汇合，同时收到了蛤蟆带来的三个孩子‘死亡’的消息。
在之后的一年里，战争逐渐由全面过渡到了局部，三忍也分开来自己带队执行不同的任务。
然而天有不测风云，纲手的弟弟绳树求胜心切没有听从师傅大蛇丸的劝解误中陷阱被起爆符炸死，等到大蛇丸到达现场时内脏都已经被炸的不见了。
也是这时候，大蛇丸意识到人的生命是多么的脆弱。
而在战争即将结束的时候，另一边的纲手小队，加藤段也重伤身亡，曾经两度易手的初代项链又回到了纲手的手里。
最后战争结束了，木叶胜利了，三忍在牺牲者的墓碑前沉思良久，最终分道扬镳走上了不同的道路。
纲手因为弟弟与恋人的接连死亡患上了恐血症，自此退役每日酗酒豪赌，她的弟子，也是断的侄女的静音以及宠物猪豚豚一直陪伴在身边。
自来也因为长门三人的‘死亡’决心游历四方寻找传说中的预言之子。
大蛇丸则继续留在木叶，御手洗红豆成了他的新学生和平时做实验时的助手。
不久后，大蛇丸就被三代指派去根组织监视团藏，结果两人感觉可以互相利用。
团藏为大蛇丸提供实验材料和阅读禁术的权限，大蛇丸为团藏培育能够使用初代火影的木遁的幼儿。
不过初代细胞不是谁都能够控制的，很多人没能撑过实验的排异反应纷纷失控死亡。
到后面连大蛇丸都没了耐心想要放弃，不过到最后还是有一个孩子存活了下来，这个孩子被团藏带回了根组织取名甲并亲自教授他忍术。
“事情的发展之快远超我们的预料啊。”
“纲手还真是可怜啊，弟弟死了男朋友也死了。”
“嘿嘿……刚好可以乘虚而入。”
“想屁吃！”
“等我们进去的时候纲手都五十多岁了，你要怎么趁虚而入？”
“咳咳……说说而已嘛！”
“还是可以想的，各位难道没看到漩涡水户五十多岁的时候都还很漂亮吗？”
“确实啊，看来可以想一下。”
“三人竟然走上了不同的道路，真是造化弄人啊。”
“谁说不是呢！”
……
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