故事开始约一年前
风纪委员训练所，白井黑子与初春饰利初次相识。
白井与固法美伟、初春三人在邮局遭遇劫案，固法前辈为保护白井而受伤。
在某位超能力者的暗中帮助下，白井制服拥有「绝对等速」能力的抢劫犯，案件结束。
1月、第三个星期五
『SkillOut』三笨蛋（驹场利德、滨面仕上、半藏）半夜盗窃ATM机被警备员黄泉川爱穗逮捕，半藏对她一见钟情。
2月、第一个星期五
英国伦敦
神裂与牛仔裤店长遇见了剪牛仔裤魔——自称瓦尔基里的少女，最后店长和少女都被神裂所讨伐。
2月、第四个星期五
意大利米兰
上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产，遇见追捕芭尔比娜的罗马正教修女丽多薇雅罗伦婕蒂。
刀夜向修女吐露心中的烦恼，丽多薇雅听完随即将芭尔比娜的土特产赠送给他。（魔法「天使坠落」形成原因之一）
3月、第三个星期五（3月15日）
超能力者（等级5）之一的削板军霸在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目——自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月、第一个星期五
巴西里约热内卢
贫穷的巴西少女——伊捏丝与自称综合顾问的御坂旅掛相遇。听从他的建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础成为了成功的商人。
4月、第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂島道端闲谈一些关于「原石」以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日
妹妹（9982号）在某研究所内诞生。
听从女研究员的命令，妹妹（9982号）准备处理数十位「妹妹」的尸体。
5月、第二个星期五
意大利米兰
本应成为「魔神」男人奥莱尔斯从溃灭的人贩子组织手中解救出100多个小孩子。
将小孩子们交给西尔维娅后，奥莱尔斯离开了米兰城。
5月、第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是「超级忍者」的猜想，被女忍者小郭消除。
6月、第二个星期五
工山规范（黑客）开始挑战学院都市传说中的「守护神」（电子领域），败北。
6月17日前后
御坂美琴在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
美琴被激怒时放出的电流被上条的「幻想杀手」消除，此后数次见面都会演变成‘遭遇→逃跑……’这样的循环模式。
7月、第一个星期五
英国伦敦某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅掛一起喝酒聊天。
某位「原石的少女」突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月、第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院统括理事会成员贝积继敏在电话中谈论关于「原石」的话题。随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（外传漫画中推断）
在都市内发生多起「虚空爆炸案」，致使多名执行任务的风纪委员负伤。（最终受伤人数上升至九人）
7月16日
某银行发生劫案，两名劫匪（其中一名是等级3的发火能力者）被在场的白井黑子逮捕。
第三名劫匪开车逃跑时被美琴用「超电磁炮」轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井的同事初春饰利在喫茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走。（初春的袖章遗留下来）
另一名风纪委员固法美伟出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务。
花了半天时间找到一位小女孩的包包之后，误会解除。
下午——夜晚时分
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被ATM机吞钱）的上条当麻。
两人随后在河堤上开始决斗，不过由于上条的中途逃跑，最终还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论「虚空爆炸案件」，拥有犯案能力「量子变速」的大能力者（等级4）釧路帷子在谈话中闪现。
美琴、初春以及初春的同学佐天泪子三人一起去服装店「第七迷雾」买衣服，在店内遇见了帮助小女孩买东西的上条当麻。
「第七迷雾」内发生「虚空爆炸案」，不过因为有上条和美琴的活跃，无一人伤亡。
犯案嫌疑人被美琴抓住，案件结束。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具「幻想御手」的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取「幻想御手」的情报却因为上条的介入而失败。
不良少年们在追逐中被美琴一一电晕。
追逐上条到铁桥上的美琴被上条激怒，发动大范围的「雷击」致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假第一天）
上午——午前
「虚空爆炸案」的嫌疑犯陷入原因不明的昏迷中。
美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上午
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西。
上条与茵蒂克丝在宿舍分别后去学校补习，月咏小萌老师出场。
下午——傍晚时分
佐天从网上下载到载有「幻想御手」的音乐CD，找到初春饰利。
美琴、白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入。
各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
下午——晚上
补习后的上条在回宿舍的路上遇到美琴，不过美琴却被上条哄吓住，两人就此分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔马格努斯交战，上条胜。
上条将负伤的茵蒂克丝带往小萌老师家，茵蒂克丝借助小萌老师施展「恢复魔法」治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到「幻想御手」的实体是音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗。
白井用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有「偏光能力」的不良头目。
7月24日
上午——傍晚
佐天的友人因使用了佐天提供的「幻想御手」而陆续昏迷，佐天泪子在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被「冥土追魂」的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从「冥土追魂」处得知需要用木山春生的脑波来制作「幻想御手」，判明犯人。
前去与木山春生谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
木山利用「幻想御手」所得到的「多重能力」，将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山对峙。
在交战中，美琴慢慢得知了木山春生的过去。随后的交战过程中，从木山春生身体之中泄露的AIM扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体「幻想猛兽」。
美琴与处于暴走状态中的「幻想猛兽」交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的「幻想御手治愈音频程序」，「幻想猛兽」防御能力被瓦解。
变弱的「幻想猛兽」最终在美琴的「超电磁炮」攻击下消失。
木山春生被逮捕，因「幻想御手」而昏迷的人群全部苏醒，「幻想御手」事件结束。
初春去医院看望已经苏醒的佐天泪子。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡。
在去澡堂的路上上条初次遇到了同样前来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织。
上条在与神裂的交战中败北，被神裂击晕。
「幻想猛兽」战斗结束八小时后，美琴与白井因违反宿舍的门禁时限被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池。
7月26日
女杀手史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯否定同行砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝大脑中的秘密。
7月28日
午夜（00：00——）
上条将茵蒂克丝口中的魔法符文破坏，「自动书记」启动，开始操纵茵蒂克丝用魔法攻击上条。
茵蒂克丝释放的魔法「龙王的叹息」将漂浮在宇宙的人造卫星「织女一号」摧毁，搭载在卫星内的超级电脑「树状图的设计者」同时被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条终于摧毁了控制茵蒂克丝的「项圈」，不过他却从此失去了过去的所有记忆。
下午时分
上条在医院内与医生「冥土追魂」谈论自己的事情。
七月、第四个星期五。
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯善后。
8月1日
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，事件开始。
因为同样的任务要请下，警备员黄泉川爱穗与风纪委员初春饰利合作确保货车以及司机的安全。
狙击手砂皿致密接受委托，使用反战车步枪破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙。
事件结束时，美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月8日
上条和茵蒂克丝一起去购买参考书，中途遇见自己的同学蓝发耳环。
三人于是又去冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女——姬神秋沙相识。
史提尔马格努斯通过「空间移动」能力者来到了一栋没有门窗的大厦，与学院都市统括理事长亚雷斯塔克劳利会面。
在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔马格努斯找上上条，并要求他一起去解救被关押在三泽塾补习班的姬神秋沙——拥有「吸血杀手」能力的少女。
两人进入三泽塾补习班并将炼金术师奥雷欧斯伊萨德的「分身」击破，但却被真正的伊萨德用「金色大衍术」消除部分记忆。
茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被伊萨德带走。
上条在「幻想杀手」作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士施展的魔法「葛利果圣歌」被伊萨德用「金色大衍术」反弹。
上条和史提尔回到三泽塾补习班与伊萨德进行最终战斗，上条右手被斩断，从断腕处出现的「龙王之首」致使奥雷欧斯伊萨德败北。
8月9日
上条的右手被医生「冥土追魂」接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯伊萨德从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
8月10日
美琴作了一个关于自己幼年时提供DNA样体的梦。
某位少女在第七学区的小巷内到处散发银行卡，被无能力者们盯上，但被少女用「寿命中断」（实际上只是言语暗示）镇压。在一旁观战的美琴通过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信。
为了解除心中的疑惑，美琴半夜潜入樋口制药?第七药学研究院。在研究院的电脑中发现与自己有关的「量产能力者实验计划」已被冻结。
美琴放心的离开后，某位「妹妹」出现并将资料全部删除。
8月11日
美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
美琴与一名妹妹（9982号）偶遇。
从谈话中美琴得知某个「实验」的存在以及一个「暗号」，并带着妹妹（9982号）游玩半天。
晚上——
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春的帮忙解开「暗号」，并得知了「绝对能力进化实验」的存在。
赶来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
白发少年的能力使美琴的攻击全部无效，连必杀技「超电磁炮」的攻击都被反射。
在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开。
离开时，白发少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月15日——18日
美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心。
美琴大肆破坏与「绝对能力进化计划」有关联的研究设施。破坏活动引起了实验计划高层的关注，并雇佣暗部「ITEM」来进行防御。
「ITEM」成员之一的弗兰达在研究场所内埋伏潜入的美琴，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了「脑神经应用分析所S处理社」（与「实验」有关一处实验所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技艺以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达使用格斗技的打压，但最后还是化险为夷
时间不明(推断为8月19日）
在深夜使用「钢铁破坏者」狙击一方通行的妹妹（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，路过的美琴使用能力帮忙但却拉响了警报。
上条先后认识了美琴的学妹白井黑子以及美琴的「妹妹」——御坂妹。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），「妹妹」帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
在宿舍内，上条与「妹妹」见到了土御门元春的义妹——土御门舞夏。
在家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，「妹妹」用能力替她们解决了这个问题。
8月21日
上午——傍晚
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑「树状图的设计者」的话题后分别。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。
上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行战斗，被杀害。
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失。
充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体。
妹妹们在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。
白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的「绝对能力进化实验」资料，读完资料后他开始寻找美琴。
在大桥上找到美琴的上条为阻止美琴牺牲自己拯救妹妹的计划而受到她的强力电击，最终昏倒。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
（20：30——），第一○○三二次实验正式开始。
受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战。
随后赶来的美琴向妹妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有妹妹们合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
在妹妹的帮助下上条打败一方通行，「绝对能力进化实验」计划从此以后被永久性冻结。
8月22日
深夜——下午3点
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他。
8月、第四个星期五
四位妹妹因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的妹妹（00000号）行踪不明。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本神奈川县某海边
上条和茵蒂克丝以及上条的双亲入住海边旅馆「海神」，上条的表妹龙神乙姬半夜才入住。
魔法「天使坠落」发动。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外，所有人的样貌都改变了。
英国清教『必要之恶教会』的魔法师神裂火织和土御门元春出现，并向上条说明现状。
晚上八点——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂。
逃狱犯火野神作从地板下出现并袭击上条，俄罗斯成教的魔法师「米夏克洛伊洁芙」乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家。
上条、神裂、土御门、「米夏克洛伊洁芙」四人赶到上条老家，将火野神作击倒。
上条从土御门的推论中得知启动「天使坠落」魔法的犯人居然是自己的父亲上条刀夜，「米夏克洛伊洁芙」于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，「米夏克洛伊洁芙」出现并现出真面目大天使「神之力」。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条带着父亲回旅馆避难。
在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法「赤术式」将上条老家（仪式现场）轰掉，因体内的排斥反应晕倒。
魔法「天使坠落」解除，大天使「神之力」回到上界，莎夏克洛伊洁芙重新取回身体。
8月30日
茵蒂克丝邮购的预言书《馬拉奇的預言》送到了上条宿舍。
8月31日（暑假最后一天）
凌晨（00：00）——下午（17：15）
半夜购物回家的一方通行将找他求助的妹妹（20001号）——最后之作带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴遇见常盘台中学理事长之孙——「海原光贵」。为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成「海原光贵」的阿兹特克魔法师开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，「海原光贵」被倒塌的钢骨压住。
「海原光贵」要求上条答应他的一个「约定」被躲在墙角的美琴听到。（魔法师最后被上条交由土御门处理）
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与「绝对能力进化实验」研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊。
一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往「绝对能力进化实验所」。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——午夜（00：00）
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走。
在「超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所」门口，一方通行将最后之作脑中的所有电子病毒清除，但同时被天井亚雄射成重伤。
暗咲逢魔布置出「神乐舞台」，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
上条在大厦楼顶上发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒。（两人在半夜从学院都市冲出去）
在医院中苏醒的芳川桔梗从「冥土追魂」处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠「御坂网络」的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
9月1日（开学式）
上午——
土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉克伦威尔侵入学院都市，但因为向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。
上条决定带着风斩和茵蒂克丝去地下街游玩。听到姬神秋纱关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，最后得到了美琴的救援，雪莉趁乱逃走。
下午——
上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩。
不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭。困在里面的上条三人与美琴、白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口。
风斩在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华，将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动「强制咏唱」进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条却与雪莉对战。
上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝。
在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到「冥土追魂」医院检查身体，留在外面的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消失在好友面前。
9月3日
美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市学芸都市
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队「拉碧塞飞行队」进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施「LargeLauncher（大发射架）」内部，并见到了白天所击毁飞行器「云海之蛇」的残骸。
两人在设施内部遭遇「工作人员」奥莉弗赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被「云海之蛇」的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
「云海之蛇」再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——
美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回「LargeLauncher（大发射架）」内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被「工作人员」奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有「读心能力」的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密「处理掉」。
在最危急时刻下的佐天被乘坐「云海之蛇」而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用「太阳之蛇（魔法兵器）」发动对学芸都市的毁灭性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层「经营团队」五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日
避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇「红鲑」上逃亡。
学芸都市「拉碧塞飞行队」与「有翼者的归还」展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁「太阳之蛇」。
在美琴与黑子的攻击下，三架「太阳之蛇」被毁，但最后也是最具破坏力的第四架「太阳之蛇」却从天而降。
在乘坐「云海之蛇」席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的「太阳之蛇」残骸上面。
通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对「水之翼」，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架「太阳之蛇」，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的「超电磁炮」攻击下，最后一架「太阳之蛇」开始解体。
「太阳之蛇」所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着「云海之蛇」赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇「红鲑」的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日
上午——
英国伦敦圣乔治大教堂（英国清教「必要之恶教会」根据地）
英国清教第零圣堂区「必要之恶教会」最高主教——萝拉斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典「法之书」以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——
日本东京学院都市第七学区
茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域
在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——
二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——
雅妮丝桑提斯带领自己的罗马正教修女部队「雅妮丝部队」进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）
上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对「雅妮丝部队」救人的目的产生疑问。
由于提出想再见一面奥索拉阿奎纳，上条、茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。
9月9日
清晨——
上条、茵蒂克丝、史提尔、建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的「奥索拉大教堂」解救奥索拉阿奎纳。
上条打破「奥索大教堂」的结界，史提尔、茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与「雅妮丝部队」展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的「魔灭之音」压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与「雅妮丝部队」的首领奥索拉阿奎纳爆发激战。史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。
因为首的雅妮丝被上条击倒，「雅妮丝部队」众人投降，战斗结束。
早上——
被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织
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