时间滚滚流

话说小智独自一人来到了方缘地区，他遇到了新人训练家小遥。

原因是由于火箭队的袭击，他和小遥碰到了一起，在火箭队的袭击之中，小遥的脚踏车（自行车）被变成分子了，于是他和她两人一起旅行。

在旅行中他们遇到了方缘地区的邪恶集团之一火岩队。

小智击退了火岩队，收服了超古代的神奇宝贝——古空棘鱼。

小智的英勇姿态把小遥的这颗纯真的少女心俘虏了，只是少女还不知道。

她以为这只是对小智的崇拜，却浑然不知，那名为爱慕的种子已经悄悄的落进了她那纯真的少女心里，生根，发芽了！

等到离别的那一刻，那种子长长的参天大树就会充实她的整个内心，让她成为爱情的俘虏。

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在旅途中加入了小遥的弟弟小胜，小智从前的‘伙伴’（伙食同伴）小刚，小智还收服了不服输的神奇宝贝——傲骨燕。

小智还看到了武藏、小次郎、喵喵为了保护同伴而挺身而出。

小智帮助了他们，把阿婆怪、双弹瓦斯、阿婆蛇、瓦斯弹他们送到了大木博士的研究所。

怎么送，当然是收服了。

小智帮火箭队他们打败神奇宝贝猎人阿龙后，和小次郎他们说，神奇宝贝猎人不只阿龙一个人，瓦斯弹他们依然很危险。

然后武藏他们就让小智收服他们，还让自己的神奇宝贝去照顾他们，所以小智就有了阿婆怪、双弹瓦斯和一大群阿婆蛇、瓦斯弹了。

武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队。然后小次郎得到沙漠奈亚。

小智在木守宫的森林收服到了喜欢在嘴里叼一根树枝的木守宫。武藏也在之后收服了饭匙蛇。小刚得到莲叶童子。

之后，小智离第一个道馆所在的成市——卡那兹市，只有一步之遥了！